小智跑遍了整个橘子群岛，就是为了收集道馆徽章，参加橘子联盟挑战者杯的比赛。所谓的橘子联盟挑战者杯，是由挑战者向“南十字星”的首席训练家发起挑战。挑战赛中每人可以使用六只神奇宝贝，如果全部失去战斗能力，则是挑战失败；反之，如果把对手六只神奇宝贝全部打败，而自己仍有余留的神奇宝贝，则获得胜利！

但是，小智面对的“南十字星”首席训练家小勇，可以说是出道以来遭遇的最强之敌。虽然小勇赖以成名的神奇宝贝是传说中的快龙，但是其他五只神奇宝贝同样不能小觑，每一只都是等级非常高的领域高手。